2011年7月8日，农业部农科教发〔2011〕8号文确定了由30个“学科群”组成的农业部重点实验室体系布局。30个重点实验室学科群中，水产领域有2个，其中“淡水渔业与种质资源利用”学科群依托中国水产科学研究院淡水渔业研究中心。

学科群设淡水渔业与种质资源利用综合性重点实验室1个，淡水水产生物技术与遗传育种、淡水生物多样性保护、热带亚热带水产资源利用与养殖、淡水生物繁育、淡水水产种质资源和淡水渔业健康养殖6个专业性重点实验室，大宗淡水鱼类繁育与健康养殖技术1个企业重点实验室和黑龙江流域、长江中上游、长江下游、珠江中下游、黄河中上游、黄河下游、北方地区、湖泊和西北地区渔业资源环境9个科学观测实验站。另有渔用药物创制、水产品加工和渔业装备与工程技术3个跨学科群重点实验室和水产动物营养与饲料1个跨学科群科学观测实验站加入本学科群。本学科群共有1个综合性重点实验室、10个专业性重点实验室和10个科学观测实验站，涉及农业部直属单位、部属农业高校、省级科研教学单位和产业化龙头企业16个，固定人员600余名。

学科群的定位根据国家科技发展战略，按照现代渔业发展需求，围绕制约产业发展的关键问题，承担国家重大科研任务，培育重要科技成果，加强人才培养和团队建设，创新组织管理与运行机制，促进开放合作，提升基础条件，将学科群打造成开展科技创新、培育创新成果、凝聚高水平人才的重要基地。发展建设目标针对产业发展的科技需求，提出重大科学问题，凝练科研目标，争取国家重大科技计划，组织开展基础性、前沿性以及重大关键、共性技术研究，为渔业发展提供新理论、新技术和新方法。加强学科建设的系统性，强化基础和特色优势学科，培植新兴学科，形成一流的学科布局。创新机制，培养高水平学术带头人，形成结构合理的高素质人才队伍。组织国际和全国性学术交流，提高合作和交流水平。创新运行机制，完善管理制度，搭建资源共享服务平台。利用创新能力条件建设，提升科技条件。发挥产学研合作优势，加强成果转化和产品集成示范，促进产业发展。

“十二五”启动学科群建设以来，科技创新水平显著提高，综合实力稳步提升。2011-2014年，学科群承担科研项目2185项，合同经费13亿元，到位经费超过8亿元；新上项目1771项，合同经费8.7亿元，到位经费4.5亿元。通过协同创新和分工合作，提高了基础和应用基础研究水平，以及解决重要科技问题和产业技术需求能力，自主创新成果突出，推进了产业发展。发表论文3930篇，其中SCI 论文1138篇，授权专利850项；成果获奖162项，其中国家科技进步二等奖1项，省部奖励86项；育成8个国家水产养殖新品种。落实条件建设专项经费8000万元，有效促进了科研条件保障和科技资源共享能力提升。建立了杰出人才培养和创新团队建设新模式，5人入选全国农业科研杰出人才及其创新团队。国际合作交流取得新突破，形成了开放合作的良好运行机制。

农业部组织了2015年度农业部第一批重点实验室评估工作，作为6个评估试点学科群之一，综合性实验室组织所属重点实验室和科学观测实验站开展评估，淡水渔业种质资源与利用综合性重点实验室等3个单位在评估中获得优秀。