淡水渔业研究中心董在杰研究员领衔的鱼类育种团队继在罗非鱼体色分化和调控研究上取得系列进展后，近日，又在锦鲤的体色调控研究上取得新进展。

在江苏省第五期“333工程”科研资助项目和中国水产科学研究院院级基本科研业务费专项等项目的资助下，董在杰研究员带领团队开展锦鲤不同皮肤组织microRNA及其功能分析和lncRNA及mRNA鉴定，进行锦鲤体色调控相关基因挖掘、关键调控基因的功能及通路研究。针对锦鲤体色分化和变异，通过RNA-seq技术，对锦鲤不同颜色（黑、红、白）皮肤miRNA、lncRNA及mRNA特征进行了研究，筛选到显著差异表达的164个miRNA、92个lncRNA和722个mRNA；miRNA靶基因及功能分析发现如miR-200b，miR-206等通过靶向黑色素合成、Wnt、MAPK等通路中Mitf，Mc1r，Foxd3等关键基因而发挥作用；70个显著差异的lncRNA预测到107个顺式（Cis）靶基因，79个lncRNA与41,625个靶基因存在反式（Trans）相关；差异表达lncRNA及mRNA功能注释富集到色素沉积、细胞分化调控、细胞迁移等过程；黑色素合成、酪氨酸酶代谢、视黄醇代谢等通路。

研究结果丰富了体色调控相关基因组文库，有助于深入揭示鱼类体色形成分化的分子机制，促进鱼类优良性状的筛选和品系繁育。相关研究成果相继在《BMC Genomics》上发表，全文网址分别为https://doi.org/10.1186/s12864-018-5189-5和https://doi.org/10.1186/s12864-019-5894-8。

17个已知保守miRNA的热图聚类分析

与三种颜色分化调控相关的通路

三色颜色皮肤组织中差异表达的lncRNA及mRNA

不同颜色皮肤中差异表达lncRNA和mRNA分析。 

（a）三个组合差异表达lncRNA维恩图；（b）三个组合差异表达的mRNA维恩图；

（c）差异表达的lncRNA聚类热图（红色代表高表达、绿色代表低表达）；（d）差异表达的mRNA聚类热图。

lncRNA-mRNA互作网络图

（水产遗传育种研究室 供稿）