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中国水产科学研究院淡水渔业研究中心科研实验基地包括无锡实验基地和宜兴实验基地二部分。无锡科研实验基地地处江苏省无锡市滨湖区山水东路9号（无锡市漆塘北村1号），占地面积130亩，拥有大小实验鱼池50个。宜兴科研实验基地在2001年由农业部投资800万元新建，地处江苏省宜兴市屺亭镇东北5公里的前红村，占地面积187.6亩左右，离淡水渔业研究中心本部60公里，至宜兴市区15公里，距新建锡宜高速公路2.5公里，交通便利。宜兴基地主要有实验办公区、设施渔业功能区、种质资源保存、苗种繁育及养殖实验区等。设计大小实验鱼池50个。越冬温室5000多平方米。
淡水渔业研究中心科研实验基地是中心科研创新体系的重要组成部分。中心实验基地的建设是提高创新能力的重要内容之一。中心现有鱼类遗传育种、生物技术、水产养殖、大中水面增养殖、渔业环境保护、水产病害学和饲料研究等领域承担的科研课题的实验任务在实验基地完成。
中心建所以来的科研活动中，实验基地在鱼类雌核发育、鲤鱼多倍体、团头鲂的转基因、罗非鱼遗传特性及抗寒相关因子、养殖鱼类的群体遗传多样性和种质资源的保护和利用、鱼类杂交优势的预测等方面；在建鲤、奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼、融鲫等品种培育方面；在水产病害防治及药物研制、暴发性鱼病的病原及防治技术、三角帆蚌蚌瘟病的研究、中华绒螯蟹病害病原及防治技术等方面；在池塘高产稳产综合养鱼新技术、池塘动力学研究、水产动物的繁育、苗种培育、养成技术等方面；在养殖鱼类及特种水产品的营养和人工配合饲料等方面取得的成果中都作出了重要贡献，发挥了重要的作用。目前，中心实验基地承担了高雄性率罗非鱼生物工程及其产业化；淡水软体动物重要品种种质资源收集、整理、保存；紫踵劈蚌的引进和彩色珍珠的养殖；尼罗尖吻鲈的引进及推广；建鲤家系选育；青虾品种选育研究；鱼类无性繁殖、种间细胞核质相互作用；特种水产品太湖白鱼、河魨、鳜鱼、花鱼骨等繁殖及健康养殖技术；淡水甲壳类健康养殖技术；特种淡水有核珠研究；圆背角无齿蚌苗种大规模繁育；水产养殖水资源动态过程及可续持利用的研究等项目的实验任务。
目前已保存的品种有建鲤、银鲫、奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼、尼罗尖吻鲈鱼、青虾、太湖白鱼、河魨、鳜鱼、花鱼骨、三角帆蚌、褶纹冠蚌、圆背角无齿蚌等品种。实验基地在淡水渔业研究中心科技成果转化和优良品种推广中发挥着重要作用。实验基地是中心向外展示科技成果的重要窗口，是向外推广优良品种基地。现年生产推广优质建鲤苗种5000千万尾、奥利亚及尼罗罗非鱼纯种500百万尾、青虾新品种100万尾；还向外推广银鲫、太湖白鱼、河魨、鳜鱼、花鱼骨等特种水产养殖新品种。
实验基地承担着淡水渔业研究中心国际培训、国内教学的实习任务。淡水渔业研究中心是科研和教学的联合体，经培训、培养的国外留学生达到800多人，国内有近千人次。基地每年都承担了实习任务。
基地在国内外的科技合作与交流、新品种推广、新技术推广、人才培养方面发挥着重要的作用。
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